enrichTF

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichTF

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅enrichTF。

转录因子浓缩分析

Bioconductor版本:3.14

转录因子(TFs)发挥着至关重要的作用在调节基因的转录过程绑定单独或组合的方式,TF富集分析是一种有效和重要的程序来定位候选功能TFs监管区域定义的一组实验。虽然普遍接受结构相关的TFs可能有类似的绑定优先序列(即主题)和一个特遣部队可能有多个主题,TF富集分析比主题浓缩分析更具挑战性。这里我们提出一个R包TF富集分析,结合主题浓缩与PECA模型。

作者:郑魏、Zhana Duren,闪亮的马

维护人员:郑魏< wzwz stanford.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“enrichTF”)

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文档

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细节

biocViews	GeneTarget,GraphAndNetwork,MotifAnnotation,软件,转录
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	pipeFrame
进口	BSgenome,rtracklayer,motifmatchr,TFBSTools,R.utils、方法、JASPAR2018,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,BiocGenerics,S4Vectors跑龙套,平行,统计数据,ggpubr,heatmap3,ggplot2,clusterProfiler,rmarkdowngrDevices,magrittr
链接
建议	knitr,testthat,webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/wzthu/enrichTF
BugReports	https://github.com/wzthu/enrichTF/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	enrichTF_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	enrichTF_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	enrichTF_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichTF
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ enrichTF
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/enrichTF/
包下载报告	下载数据