exomePeak2

DOI:10.18129 / B9.bioc.exomePeak2

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见exomePeak2．

基于偏差感知的MeRIP-Seq峰值调用与量化

Bioconductor版本:3.14

exomePeak2为甲基化RNA免疫沉淀测序数据(MeRIP-Seq)提供偏差感知量化和峰值检测。MeRIP-Seq是一种常用的测序技术，可以在给定的细胞系条件下测量RNA修饰位点的位置和丰度。然而，MeRIP-Seq的定量和峰召唤对PCR扩增偏差很敏感，这种偏差通常存在于下一代测序(NGS)技术中。此外，RNA-Seq生成的计数数据在生物重复之间显示出显著的生物学差异。exomePeak2通过引入一系列为MeRIP-Seq量身定制的健壮的数据科学工具，共同解决了这些挑战。使用exomePeak2，用户可以通过简单的单步函数执行峰值调用、修改位点量化和差异分析。或者，可以使用多步骤函数来生成诊断图并执行定制的分析。

作者:甄伟[aut, cre]

维护者:甄伟<甄伟。Wei10在icloud.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“exomePeak2”)

超文本标记语言	R脚本	exomePeak2用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialExpression，ExomeSeq，MethylSeq，归一化，预处理，RNASeq，测序，软件
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.5.0)，SummarizedExperiment，cqn
进口	Rsamtools，GenomicAlignments，GenomicRanges，GenomicFeatures，DESeq2，ggplot2，mclust，genefilter，Biostrings，BSgenome，BiocParallel，IRanges，S4Vectors，reshape2，rtracklayer，apeglm，方法，统计，utils，Biobase，GenomeInfoDb，BiocGenerics
链接
建议	knitr，rmarkdown，RMariaDB
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ZW-xjtlu/exomePeak2/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	exomePeak2_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	exomePeak2_1.6.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	exomePeak2_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomePeak2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/exomePeak2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/exomePeak2/
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