gprege

DOI:10.18129 / B9.bioc.gprege

此包适用于Bioconductor的3.14版本;有关稳定的最新发布版本，请参见gprege．

基因表达时间序列的高斯过程排序与估计

Bioconductor版本:3.14

gprege包实现Kalaitzis & Lawrence(2011)中描述的方法论“一种通过高斯过程回归对差异表达基因表达时间过程进行排序的简单方法”。该软件适合两个GPs与RBF(+噪声对角线)内核在每个剖面。用一个短的长度超参数、信号方差作为观测方差和零噪声方差初始化一个GP核。它通过缩放共轭梯度(netlab)进行优化。第二种GP具有固定的超参数:反宽度为零，信号方差为零，噪声方差为观测方差。两个假设的边际似然的对数比作为剖面差分表达式的分数。通过ROC曲线与BATS进行比较(Angelini等，2007)。关于排名方法和使用的数据集的详细讨论可以在论文(http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/180)中找到。

作者:Alfredo Kalaitzis <碱性在gmail.com>

维护者:Alfredo Kalaitzis <碱性在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("gprege")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“gprege”)

PDF	R脚本	gprege快速指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	生物信息学，DifferentialExpression，微阵列，预处理，软件，TimeCourse
版本	1.38.0
在Bioconductor公司	BioC 2.10 (R-2.15)(10年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 2.10)，gptk
进口
链接
建议	垃圾邮件
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	alkalait@gmail.com
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	gprege_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	gprege_1.38.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	gprege_1.38.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gprege
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gprege
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/gprege/
软件包下载报告	下载数据