iPath

DOI:10.18129 / B9.bioc.iPath

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅iPath。

iPath管道检测摄动通路在个体水平

Bioconductor版本:3.14

iPath Bioconductor包用于计算个性化途径得分和测试协会与生存的结果。丰富的单基因生物标记已经被识别和使用的诊所。然而,数以百计的癌基因或抑癌基因在肿瘤发生的过程。我们相信个体层面的预定义的路径或基因的表达模式集比单个基因更好的生物标志物。在这项研究中,我们设计了一个名为iPath的计算方法来确定预后生物通路,一次一个样本。测试它的效用,我们进行了一次pan-cancer分析14癌症类型的癌症基因组图谱和证明,iPath可以高度预测标志物的临床结果,包括总生存期,肿瘤亚型,肿瘤分类阶段。我们发现pathway-based比单个基因标志物是一个更健壮的和有效的。

作者:许克农Su (aut (cre),朝晖秦(aut)

维护人员:许克农苏<平锣。苏:emory.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“iPath”)

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文档

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HTML	R脚本	iPath用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,通路,软件,生存
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1),mclust,BiocParallel,生存
进口	Rcpp(> = 1.0.5),matrixStats,ggpubr,ggplot2,survminer,统计数据
链接	Rcpp,RcppArmadillo
建议	rmarkdown,BiocStyle,knitr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
BugReports	https://github.com/suke18/iPath/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	iPath_1.0.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	iPath_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iPath
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ iPath
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/iPath/
包下载报告	下载数据