igvR

DOI:10.18129 / B9.bioc.igvR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见igvR．

igvR:整合基因组viewer

Bioconductor版本:3.14

访问igv.js，在web浏览器中运行的整合基因组学查看器。

作者:保罗·香农

维护者:Paul Shannon < Paul .thurmond。香农在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“igvR”)

超文本标记语言	R脚本	选择一个股票或自定义基因组
超文本标记语言	R脚本	从bam文件中探索ChIP-seq比对，MACS2窄峰，守恒，H3K4me3甲基化和motif匹配
超文本标记语言	R脚本	探索阿尔茨海默病MEF2C基因周围的VCF变异、GWAS snp、启动子和组蛋白标记
超文本标记语言	R脚本	简介:一个简单的演示
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GenomeBrowsers，软件，ThirdPartyClient，可视化
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，GenomicAlignments，BrowserViz(> = 2.9.1)
进口	方法,BiocGenerics，httpuv跑龙套,MotifDb，seqLogo，rtracklayer，VariantAnnotation，RColorBrewer
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://paul-shannon.github.io/igvR/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	igvR_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	igvR_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	igvR_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/igvR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/igvR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/igvR/
软件包下载报告	下载数据