msPurity

DOI:10.18129 / B9.bioc.msPurity

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见msPurity。

代谢组学中基于质谱碎片化的前体离子纯度自动评价

Bioconductor版本:3.14

开发mspurityr软件包的目的是:1)通过评估“前驱体离子纯度”来评估碎片化光谱的光谱质量。2)过程破碎谱。3)进行光谱匹配。什么是前体离子纯度?-我们称之为“前体离子纯度”是对用于破碎的隔离窗口中选定前体峰的贡献的度量。简单的计算包括将所选前体峰的强度除以隔离窗的总强度。在评估MS/MS光谱时，在感兴趣的MS/MS扫描之前和之后进行计算，并在MS/MS采集的记录时间内插入纯度。此外，可以去除同位素峰，去除被认为对所得MS/MS光谱贡献有限的低丰度峰，并且可以使用质谱仪的隔离效率来标准化用于计算的强度。

作者:托马斯·n·劳森[作家，作家]、拉尔夫·韦伯[中文]、马丁·琼斯[中文]、朱利安·圣·凡纳[中文]、安德里斯·詹克维奇[中文]、马克·维安特[中文]、沃里克·邓恩[中文]

维护者:托马斯·n·劳森<托马斯·奈杰尔。劳森在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("msPurity")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“msPurity”)

超文本标记语言	R脚本	msPurity
超文本标记语言	R脚本	mspity谱数据库模式
超文本标记语言	R脚本	mspity光谱匹配
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor中	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	Rcpp
进口	plyr，dplyr，dbplyr，magrittr，foreach平行,doSNOW，stringr，mzR，reshape2，fastcluster，ggplot2，DBI，RSQLite，uuid，jsonlite
链接
建议	MSnbase，testthat，xcms，BiocStyle，knitr，rmarkdown，msPurityData，相机，RPostgres，RMySQL
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/
BugReports	https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/issues/new
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	msPurity_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	msPurity_1.20.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	msPurity_1.20.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/msPurity
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/msPurity
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/msPurity/
软件包下载报告	下载数据