multiClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiClust

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见multiClust。

multiClust:一个识别癌症转录组中生物学相关簇的r包

Bioconductor版本:3.14

聚类是为了确定转录组谱中的模式，以确定临床相关的患者亚组。特征(基因)选择是这一过程的关键和不可分割的一部分。目前，有许多特征选择和聚类方法来识别相关基因并对样本进行聚类。然而，选择一个合适的方法是困难的。此外，可用的软件包还不支持广泛的特征选择方法。因此，我们开发了一个名为multiClust的集成r包，使研究人员能够轻松地选择基因选择和聚类的组合方法。使用multiClust，我们确定了在临床结果背景下表现最好的聚类方法。我们的观察表明，简单的方法，如基于方差的排名，在大多数数据集上表现良好，只要选择适当数量的基因。然而，不同的基因排序和选择方法仍然是相关的，因为没有一种方法适用于所有的研究。

作者:Nathan Lawlor [aut, cre]，管培勇[aut]， Alec Fabbri [aut]， Krish Karuturi [aut]， josh George [aut]

维护者:Nathan Lawlor < Nathan。Lawlor03在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" multicluster ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“multiClust”)

超文本标记语言	R脚本	多集群指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，FeatureExtraction，GeneExpression，软件，生存
版本	1.24.0
在Bioconductor中	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于
进口	mclust，ctc，生存，集群，dendextend，北极监测和评估方案、图形、grDevices
链接
建议	knitr，rmarkdown，gplots，RUnit，BiocGenerics，preprocessCore，Biobase，GEOquery
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	multiClust_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	multiClust_1.24.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	multiClust_1.24.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/multiClust
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ multicluster
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/multiClust/
软件包下载报告	下载数据