multicrispr

DOI:10.18129 / B9.bioc.multicrispr

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见multicrispr。

多位点多用途Crispr/Cas设计

Bioconductor版本:3.14

该软件包用于设计Crispr/Cas9和Prime Editing实验。它包含以下功能:(1)定义和转换基因组靶标，(2)寻找间隔(4)计算脱靶(错误)匹配，(5)计算Doench2016/2014靶向效率。为了使多Crispr能够很好地扩展到大型目标集，从而能够设计大型Crispr/Cas9库，已经采取了谨慎的措施。

作者:Aditya Bhagwat [aut, cre]， Rene Wiegandt [ctb]， Mette Bentsen [ctb]， Jens Preussner [ctb]， Michael Lawrence [ctb]， herv pag [ctb]， Johannes Graumann [sad]， Mario Looso [sad, rth]

维护者:Aditya Bhagwat < Aditya。Bhagwat mpi-b .mpg.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") biomanager::install("multicrispr")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“multicrispr”)

超文本标记语言	R脚本	genome_arithmetics
超文本标记语言	R脚本	grna_design
超文本标记语言	R脚本	prime_editing
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR，软件
版本	3
在Bioconductor中	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0)
进口	自信的，BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，CRISPRseek，data.table，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，ggplot2、网格karyoploteR，magrittr，方法，并行;plyranges，Rbowtie，网状，rtracklayer统计数据,stringi，tidyr，tidyselect,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub，BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1，ensembldb，IRanges，knitr，魔法，rmarkdown，testthat，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/loosolab/multicrispr
BugReports	https://github.com/loosolab/multicrispr/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	multicrispr_1.4.3.tar.gz
Windows二进制	multicrispr_1.4.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	multicrispr_1.4.3.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multicrispr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/multicrispr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/multicrispr/
软件包下载报告	下载数据