此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见mzR.
Bioconductor版本:3.14
mzR为质谱数据的通用文件格式和解析器提供了统一的API。它附带了ISB随机访问解析器的包装,用于质谱mzXML, mzData和mzML文件。这个包包含ISB编写的原始代码,以及用于mzML和mzIdentML的proteowizard库的一个子集。netCDF读取代码以前在XCMS中使用过。
作者:Bernd Fischer, Steffen Neumann, Laurent Gatto, Qiang Kou, Johannes Rainer
维护者:Steffen Neumann
引文(从R内,输入引用(“mzR”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“mzR”)
超文本标记语言 | R脚本 | 获取原始质谱分析和鉴定数据 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,ImmunoOncology,基础设施,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件 |
版本 | 2.28.0 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(10.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | Rcpp(>= 0.10.1),方法,utils |
进口 | Biobase,BiocGenerics(> = 0.13.6),ProtGenerics(> = 1.17.3),ncdf4 |
链接 | Rcpp,zlibbioc,Rhdf5lib(> = 1.1.4) |
建议 | msdata(> = 0.15.1),RUnit,mzID,BiocStyle(> = 2.5.19),knitr,XML,rmarkdown |
SystemRequirements | c++ 11, GNU制作 |
增强了 | |
URL | https://github.com/sneumann/mzR/ |
BugReports | https://github.com/sneumann/mzR/issues/ |
全靠我 | MSGFgui,MSnbase,蛋白质组学 |
进口我 | adductomicsR,自动调谐,CluMSID,DIAlignR,MSnID,msPurity,peakPantheR,ProteomicsAnnotationHubData,RMassBank,SIMAT,TargetDecoy,topdownr,xcms,山药 |
建议我 | AnnotationHub,MsBackendRawFileReader,msdata,qcmetrics,RforProteomics,光谱 |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | mzR_2.28.0.tar.gz |
Windows二进制 | mzR_2.28.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | mzR_2.28.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mzR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mzR |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/mzR/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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