nullranges

DOI:10.18129 / B9.bioc.nullranges

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅nullranges。

代的零范围通过引导或协变量匹配

Bioconductor版本:3.14

模块化的方案生成集的范围代表零假设。这些可以采取的形式引导的样本范围(使用块框架引导Bickel et al 2010),或两组匹配的控制范围跨一个或多个协变量。nullranges被设计成与其他包的内部可操作的分析基因重叠浓缩,包括plyranges Bioconductor包。

作者:迈克尔·爱(aut (cre)Wancenμ(aut)埃里克·戴维斯(aut),道格拉斯Phanstiel (aut),斯图亚特·李(aut)米哈伊尔Dozmorov[所有],蒂姆Triche[所有],CZI(曾经)

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“nullranges”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“nullranges”)

HTML	R脚本	0。介绍nullranges
HTML	R脚本	1。概述matchRanges
HTML	R脚本	2。案例研究我:CTCF入住率
HTML	R脚本	3所示。案例研究2:CTCF取向
HTML	R脚本	4所示。分段块引导
HTML	R脚本	5。不分段块引导
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文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,注释,ChIPSeq,DNaseSeq,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneTarget,GenomeAnnotation,GenomeWideAssociation,HiddenMarkovModel,HistoneModification,RNASeq,软件,可视化
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于
进口	统计数据,IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb、方法、rlang,S4Vectors,尺度,InteractionSet,ggplot2grDevices,plyranges,ks,speedglm,data.table,进步,ggridges
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,DNAcopy,RcppHMM,AnnotationHub,nullrangesData,excluderanges,EnsDb.Hsapiens.v86,微基准测试,拼接而成,plotgardener,magrittr,钴
SystemRequirements
增强了
URL	https://nullranges.github.io/nullranges
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/nullranges/
取决于我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	nullranges_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	nullranges_1.0.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	nullranges_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/nullranges
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ nullranges
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/nullranges/
包下载报告	下载数据