pairkat

DOI:10.18129 / B9.bioc.pairkat

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pairkat。

PaIRKAT

Bioconductor版本:3.14

PaIRKAT模型框架来评估统计的代谢物(通路)和网络之间的关系感兴趣的一个结果(表现型)。PaIRKAT KEGG数据库查询来确定代谢物之间的相互作用的网络连接。这个模型框架可以提高测试能力在高维度数据包括在内核机器回归图地形设置。研究高维数据难以可以包括变量之间的复杂关系。semi-parametric内核机器回归模型是一种强大的工具来捕获这些类型的关系。他们提供了一个框架,用于测试的结果之间的关系的兴趣和高维数据,如代谢组,基因组或蛋白质组学途径。PaIRKAT使用已知的生物高维变量之间的联系,代表他们作为“图形”或“网络的边缘。是常见的节点(如代谢物)内与所有其他的图,导致有意义的减少测试功率是否包含图形信息。我们包括图像正则化或“平滑”的方法来管理这个问题。

作者:查理·卡彭特(aut),卡梅伦塞汶河(cre, aut)

维护人员:卡梅伦Severn <卡梅隆。塞汶河gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pairkat”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“pairkat”)

HTML	R脚本	using-pairkat
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork,KEGG,代谢组学,网络,通路,回归,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),KEGGREST,S4Vectors,SummarizedExperiment,igraph,data.table、方法、统计数据
进口	dplyr,magrittr,CompQuadForm,宠物猫
链接
建议	rmarkdown,knitr,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Ghoshlab/pairkat/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	pairkat_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	pairkat_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	pairkat_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pairkat
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pairkat
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pairkat/
包下载报告	下载数据