plotgardener

DOI:10.18129 / B9.bioc.plotgardener

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅plotgardener。

基于坐标为R基因可视化包

Bioconductor版本:3.14

基于坐标基因组可视化包r .它授予用户能够以编程方式生成复杂,多层面板数据。为基因组学、plotgardener允许用户可视化大型复杂的基因组数据集和提供精致的控制如何在页面上放置,并安排情节。

作者:妮可·克莱默(aut (cre)埃里克·s·戴维斯(aut),克雷格·温格(aut)莎拉·帕克(施)Erika Deoudes(艺术),迈克尔·爱(施),道格拉斯·h·Phanstiel (aut (cph)

维修工:妮可·克莱默< nekramer live.unc.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“plotgardener”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“plotgardener”)

HTML	R脚本	介绍plotgardener
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FunctionalGenomics,GenomeAnnotation,GenomeAssembly,嗝,软件,可视化
版本	1.0.17
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	旋度,data.table,dplyr、grDevices、网格ggplotify,IRanges、方法、plyranges,purrr,Rcpp,RColorBrewer,rlang统计数据,strawr、工具、跑龙套
链接	Rcpp
建议	AnnotationDbi,AnnotationHub,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,ComplexHeatmap,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,GenomicRanges,ggplot2,InteractionSet,knitr,org.Hs.eg.db,rtracklayer,plotgardenerData,png,rmarkdown,尺度,showtext,testthat(> = 3.0.0),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://phanstiellab.github.io/plotgardenerhttps://github.com/PhanstielLab/plotgardener
BugReports	https://github.com/PhanstielLab/plotgardener/issues
取决于我
进口我
建议我	nullranges
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	plotgardener_1.0.17.tar.gz
Windows二进制	plotgardener_1.0.17.zip
macOS 10.13(高山脉)	plotgardener_1.0.17.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/plotgardener
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ plotgardener
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/plotgardener/
包下载报告	下载数据