pmp

DOI:10.18129 / B9.bioc.pmp

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pmp。

峰值信号矩阵处理和批处理校正代谢组学数据集

Bioconductor版本:3.14

方法和工具(pre -)处理的代谢组学数据集(如峰值矩阵),包括过滤、正常化,缺失值归责,缩放和信号漂移校正方法和批处理的影响。过滤方法是基于:缺失值的分数(跨样本或功能);相对标准偏差(RSD)计算的质量控制(QC)样品;空白样品。正常化方法包括概率商正常化(PQN)和正常化总信号强度。一个统一的用户界面几个常用算法缺失值归责原则。支持方法是:再邻国(资讯),随机森林(rf),贝叶斯PCA缺失值估计量(bpca),平均或中值给定特性和一个常数小的价值。全面(蒟蒻阁)对数变换算法可以稳定在低和高强度方差质量光谱特性。最后,这个包提供了一个实现质量Control-Robust花键校正(QCRSC)算法对信号漂移和大规模spectrometry-based批量效应校正的数据集。

作者:哪Jankevics (aut),加文·里斯•劳埃德(aut (cre),拉尔夫约翰内斯·玛丽亚·韦伯(aut)

维修工:加文·里斯•劳埃德<广义相对论。劳埃德在bham.ac.uk >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(pmp)

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文档

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HTML	R脚本	峰矩阵处理代谢组学数据集
HTML	R脚本	信号漂移校正和大规模光谱质量评估和批处理效果
HTML	R脚本	质谱校正信号漂移和批处理效果
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,MassSpectrometry,代谢组学,质量控制,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	统计数据,嫁祸于,pcaMethods,missForest,ggplot2、方法、SummarizedExperiment,S4Vectors,matrixStatsgrDevices,reshape2,跑龙套
链接
建议	testthat,covr,knitr,rmarkdown,BiocStyle,gridExtra,魔法
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我	metabolomicsWorkbenchR,structToolbox
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包档案

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源包	pmp_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	pmp_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	pmp_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pmp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pmp
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pmp/
包下载报告	下载数据