婴儿车

DOI:10.18129 / B9.bioc.pram

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见婴儿车。

聚合RNA-seq数据集以组装转录模型

Bioconductor版本:3.14

公开的RNA-seq数据通常用于回顾性分析，以阐明新的生物学。通过大量RNA-seq数据集实现的新型转录本发现已成为此类分析之一。为了提高从大量RNA-seq数据集中发现转录本的能力，我们开发了一个新的R包，名为Pooling RNA-seq and assemble Models (PRAM)，它可以从汇集的RNA-seq数据集中构建基因间区域的转录本模型。该包包括定义基因间区域、提取和池化相关RNA-seq比对、预测、选择和评估转录模型的功能。

作者:刘鹏[aut, cre]， Colin N. Dewey [aut]， Sündüz kele[aut]

维护者:刘鹏

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“婴儿车”)

PDF	R脚本	池化RNA-seq和组装模型
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，GenePrediction，GenomeAnnotation，RNASeq，ResearchField，测序，软件，技术，转录组
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.6)
进口	方法,BiocParallel，工具，utils，data.table(> = 1.11.8),GenomicAlignments(> = 1.16.0),rtracklayer(> = 1.40.6),BiocGenerics(> = 0.26.0),GenomeInfoDb(> = 1.16.0),GenomicRanges(> = 1.32.0),IRanges(> = 2.14.12),Rsamtools(> = 1.32.3),S4Vectors(> = 0.18.3)
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pliu55/pram
BugReports	https://github.com/pliu55/pram/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	pram_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	pram_1.10.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	pram_1.10.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pram
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pram
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pram/
软件包下载报告	下载数据