proFIA

DOI:10.18129 / B9.bioc.proFIA

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见proFIA。

FIA-HRMS数据的预处理

Bioconductor版本:3.14

流动注射分析与高分辨率质谱联用是一种很有前途的高通量代谢组学方法。然而，FIA- HRMS数据不能用当前依赖于液相色谱分离的软件工具进行预处理，或者只能处理低分辨率数据。本文介绍了proFIA包，它实现了一种新的方法来预处理FIA-HRMS原始数据(netCDF、mzData、mzXML和mzML)，包括噪声建模和注入峰重建，并生成峰表。工作流程包括噪声建模、频带检测和滤波、信号匹配和缺失值输入。然后可以将峰值表导出为.tsv文件，以便进一步分析。评估数据质量和信号质量的可视化效果很容易产生。

作者:Alexis Delabriere和Etienne Thevenot。

维护者:Alexis Delabriere < Alexis . Delabriere at outlook.fr b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("proFIA")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“proFIA”)

超文本标记语言	R脚本	处理FIA-HRMS数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	Lipidomics，MassSpectrometry，代谢组学，PeakDetection，预处理，蛋白质组学，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor中	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	CeCILL
取决于	R (>= 2.5.0)，xcms
进口	stats, graphics, utils, grDevices, methods，pracma，Biobase，minpack.lm，BiocParallel，missForest，ropls
链接
建议	BiocGenerics，plasFIA，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我	plasFIA
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	proFIA_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	proFIA_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	proFIA_1.20.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/proFIA
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/proFIA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/proFIA/
软件包下载报告	下载数据