quantiseqr

DOI:10.18129 / B9.bioc.quantiseqr

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见quantiseqr．

从RNA-seq数据定量肿瘤免疫结构

Bioconductor版本:3.14

该软件包为quanTIseq方法提供了一个简化的工作流程，开发用于从RNA-seq数据中量化肿瘤免疫环境。量化是针对TIL10签名(解剖十种免疫细胞类型的贡献)进行的，从一系列人类RNA-seq样本中精心制作。TIL10特征已通过模拟、流式细胞术和免疫组织化学数据得到广泛验证。

作者:Federico Marini [aut, cre]，弗朗西斯卡·菲诺特洛[作者]

维护者:Federico Marini

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“quantiseqr”)

超文本标记语言	R脚本	使用quantiseqr
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，分类，ExperimentHubSoftware，FeatureExtraction，FlowCytometry，GeneExpression，ImmunoOncology，微阵列，测序，软件，StatisticalMethod，转录，转录组，可视化
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	Biobase，limSolve，质量、方法、preprocessCore统计数据,SummarizedExperiment，ggplot2，tidyr，rlang,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi，BiocStyle，dplyr，ExperimentHub，GEOquery，knitr，巨噬细胞，org.Hs.eg.db，reshape2，rmarkdown，testthat，宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	更容易
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	quantiseqr_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	quantiseqr_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	quantiseqr_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/quantiseqr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/quantiseqr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/quantiseqr/
软件包下载报告	下载数据