ramr

DOI:10.18129 / B9.bioc.ramr

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见ramr．

阵列和NGS数据中罕见异常甲基化区域的检测

Bioconductor版本:3.14

ramr是一个R包，用于检测通过阵列甲基化分析或高通量亚硫酸氢盐测序获得的大型数据集中的低频异常甲基化事件。此外，该软件包还提供了将发现的异常甲基化区域(AMRs)可视化的功能，生成所有可能区域的集合，用作富集分析的参考集，并生成生物学相关的测试数据集，用于AMR/DMR搜索算法的性能评估。

作者:Oleksii Nikolaienko [aut, cre]

维护者:Oleksii Nikolaienko < Oleksii。尼古拉连科在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ramr”)

超文本标记语言	R脚本	ramr
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，MethylSeq，MethylationArray，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)，GenomicRanges平行,doParallel，foreach，doRNG、方法
进口	IRanges，BiocGenerics，ggplot2，reshape2，EnvStats，ExtDist，matrixStats，S4Vectors
链接
建议	RUnit，knitr，rmarkdown，gridExtra，annotatr，萝拉，org.Hs.eg.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BBCG/ramr
BugReports	https://github.com/BBCG/ramr/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ramr_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	ramr_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ramr_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ramr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ramr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ramr/
软件包下载报告	下载数据