recount3

DOI:10.18129 / B9.bioc.recount3

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见recount3．

从叙述t3项目中探索和下载数据

Bioconductor版本:3.14

该程序包可以访问大量经过统一处理的人类和小鼠RNA-seq数据。您可以下载rangedsummarizeexperimental对象在基因，外显子或外显子-外显子连接水平的样本元数据和QC统计数据。此外，我们还提供了访问BigWig覆盖示例文件的权限。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]

维护者:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“recount3”)

超文本标记语言	R脚本	叙述3快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DataImport，DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，测序，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	SummarizedExperiment
进口	BiocFileCache、方法、rtracklayer，S4Vectors跑龙套,RCurl，data.table，R.utils，矩阵，GenomicRanges，sessioninfo、工具
链接
建议	BiocStyle，covr，knitcitations，knitr，RefManageR，rmarkdown，testthat，pryr，interactiveDisplayBase，重新计票
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/recount3
BugReports	https://github.com/LieberInstitute/recount3/issues
全靠我
进口我
建议我	RNAseqQC
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	recount3_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	recount3_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	recount3_1.4.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount3
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ recret3
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/recount3/
软件包下载报告	下载数据