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DOI:10.18129 / B9.bioc.recoup

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见收回．

一个R包，用于创建复杂的基因组剖面图

Bioconductor版本:3.14

recop计算并绘制从下一代测序技术获得的短序列读取的信号剖面。所提供的概况是概括的曲线概况或热图概况。目前，recop支持从ChIP-Seq和RNA-Seq实验中读取的基因组轮廓图。该包使用ggplot2和ComplexHeatmap图形工具分别用于曲线和热图覆盖概要文件。

作者:Panagiotis Moulos < Moulos at fleming.gr>

维护者:Panagiotis Moulos < Moulos at fleming.gr>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“收回”)

超文本标记语言	R脚本	补偿包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，对齐，ChIPSeq，ChipOnChip，报道，DataImport，GeneExpression，ImmunoOncology，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.0.0)，GenomicRanges，GenomicAlignments，ggplot2，ComplexHeatmap
进口	BiocGenerics，biomaRt，Biostrings，circlize，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，图形，grDevices，httr，IRanges，方法，并行，RSQLite，Rsamtools，rtracklayer，S4Vectors统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	网格,BiocStyle，knitr，rmarkdown，动物园，RUnit，BiocManager，BSgenome，RMySQL
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pmoulos/recoup
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	recoup_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	recoup_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	recoup_1.22.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recoup
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ recop
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/recoup/
软件包下载报告	下载数据