regsplice

DOI:10.18129 / B9.bioc.regsplice

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅regsplice。

L1-regularization基于微分检测拼接的方法

Bioconductor版本:3.14

统计方法检测微分拼接(微分外显子用法)RNA-seq和外显子微阵列数据,使用L1-regularization(套索)来提高能力。

作者:卢卡斯·m·韦伯(aut (cre)

维护人员:卢卡斯·m·韦伯在gmail.com < lukas.weber.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“regsplice”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“regsplice”)

HTML	R脚本	regsplice工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,ExonArray,ExperimentalDesign,ImmunoOncology,微阵列,RNASeq,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	glmnet,SummarizedExperiment,S4Vectors,limma,刨边机统计数据,pbapply、跑龙套、方法
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/regsplice
BugReports	https://github.com/lmweber/regsplice/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	regsplice_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	regsplice_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	regsplice_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regsplice
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ regsplice
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/regsplice/
包下载报告	下载数据