ribosomeProfilingQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ribosomeProfilingQC

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见ribosomeProfilingQC．

核糖体分析质量控制

Bioconductor版本:3.14

Ribo-Seq(也称为核糖体分析或足迹)通过直接量化核糖体保护片段(rpf)来测量翻译组(与RNA-Seq不同，RNA-Seq对转录组进行测序)。该软件包为核糖体分析的质量评估提供了工具。此外，它还可以对Ribo-Seq数据进行预处理，用于后续的差异分析。

作者:欧建宏[aut, cre]——玛丽亚·霍伊

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ribosomeProfilingQC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ribosomeProfilingQC”)

超文本标记语言	R脚本	ribosomeProfilingQC装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，GeneRegulation，质量控制，RiboSeq，测序，软件，可视化
版本	1.6.1
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL(>=3) +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，GenomicRanges
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，EDASeq，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，IRanges、方法、motifStack，rtracklayer，Rsamtools，RUVSeq，Rsubread，S4Vectors，XVector，ggplot2，ggfittext，尺度，ggrepel跑龙套,集群，统计，图形，网格
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10，刨边机，limma，testthat，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ribosomeProfilingQC_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	ribosomeProfilingQC_1.6.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	ribosomeProfilingQC_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ribosomeProfilingQC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ribosomeProfilingQC
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ribosomeProfilingQC/
软件包下载报告	下载数据