scReClassify

DOI:10.18129 / B9.bioc.scReClassify

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见scReClassify。

screclassified:单细胞RNA-seq数据的事后细胞类型分类

Bioconductor版本:3.14

利用半监督学习算法adassampling技术，对任意细胞类型分类过程生成的细胞类型注释进行微调。当前版本的screclassified支持支持向量机和随机森林作为基本分类器。

作者:杨鹏毅[aut]，金泰云[音乐，音乐]

维护者:金泰云<泰云。Kim91在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" screclassified ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“scReClassify”)

超文本标记语言	R脚本	对screclassified包的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，SingleCell，软件，SupportVectorMachine，转录组
版本	1.0.0
在Bioconductor中	BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	randomForest，e1071统计数据,SummarizedExperiment，SingleCellExperiment、方法
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown，DT，mclust，dplyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/SydneyBioX/scReClassify//www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/scReClassify.html
BugReports	https://github.com/SydneyBioX/scReClassify/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	scReClassify_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	scReClassify_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scReClassify_1.0.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/scReClassify
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/ screclassified
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scReClassify/
软件包下载报告	下载数据