scanMiRApp

DOI:10.18129 / B9.bioc.scanMiRApp

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scanMiRApp。

scanMiR闪闪发光的应用

Bioconductor版本:3.14

闪亮的接口scanMiR包。应用程序支持成绩单的扫描和自定义序列microrna的结合位点,KdModels和绑定结果的可视化,以及浏览镇压预测数据。除了包含IndexedFst类快速索引大GenomicRanges或data.frames阅读,和一些公用事业促进扫描和识别丰富miRNA-target双。

作者:Pierre-Luc日尔曼(cre, aut),迈克尔Soutschek (aut) Fridolin总值(施)

维护人员:Pierre-Luc日尔曼< Pierre-Luc。日尔曼在hest.ethz.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scanMiRApp”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scanMiRApp”)

HTML	R脚本	IndexedFst
HTML	R脚本	scanMiRApp
PDF		参考手册

细节

biocViews	GUI,SequenceMatching,软件,microrna的
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	AnnotationDbi,AnnotationFilter,AnnotationHub,BiocParallel,Biostrings,data.table,消化,DT,ensembldb,置,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggplot2,htmlwidgets,IRanges,矩阵、方法、情节,rintrojs,rtracklayer,S4Vectors,scanMiR,scanMiRData,闪亮的,shinycssloaders,shinydashboard,统计,跑龙套,服务员
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> = 3.0.0),shinytest,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	scanMiRApp_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	scanMiRApp_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	scanMiRApp_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scanMiRApp
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scanMiRApp
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/scanMiRApp/
包下载报告	下载数据