裂殖体

DOI:10.18129 / B9.bioc.segmenter

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见裂殖体。

通过调用ChromHMM在R中执行染色质分割分析

Bioconductor版本:3.14

染色质分割分析将ChIP-seq数据转换为基因组信号。后者代表了多变量马尔可夫模型中观察到的状态，以预测染色质的潜在状态。用Java编写的ChromHMM集成了组蛋白修饰数据集来从头学习染色质状态。这个包的目标是从R中调用chromHMM，在S4对象中捕获输出文件，并与其他相关的Bioconductor分析工具接口。此外，分割器还提供了测试、选择和可视化分割输出的功能。

作者:马哈茂德·艾哈迈德[aut, cre]

维护人员:马哈茂德·艾哈迈德<马哈茂德。Fahmy at students. kasralainy.edu.>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("segmenter")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“裂殖体”)

超文本标记语言	R脚本	利用分割仪进行染色质分割分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	HistoneModification，软件
版本	1．0．0
在Bioconductor中	BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	ChIPseeker，GenomicRanges，SummarizedExperiment，IRanges，S4Vectors，bamsignals，ComplexHeatmap、图形、统计、utils、方法、chromhmmData
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，Gviz
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/MahShaaban/segmenter/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	segmenter_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	segmenter_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	segmenter_1.0.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/segmenter
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/segment
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/segmenter/
软件包下载报告	下载数据