芝麻

DOI:10.18129 / B9.bioc.sesame

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见芝麻．

DNA甲基化珠晶片的合理分步分析

Bioconductor版本:3.14

用于分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列。SeSAMe提供了支持多代Infinium DNA甲基化串珠芯片分析的实用程序，包括预处理、质量控制、可视化和推理。SeSAMe具有更精确的检测呼叫、种族、性别智能网络推理和先进的质量控制程序。

作者:周婉定[aut, cre]，沈辉[aut]， Timothy Triche [ctb]， Bret Barnes [ctb]

维护:Wanding Zhou

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“芝麻”)

超文本标记语言	R脚本	0.基本用法
超文本标记语言	R脚本	1.质量控制
超文本标记语言	R脚本	2.非人类的数组
超文本标记语言	R脚本	3.建模
超文本标记语言	R脚本	4.数据推理
超文本标记语言	R脚本	5.其他功能
超文本标记语言	R脚本	6.knowYourCG
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation，MethylationArray，预处理，质量控制，软件
版本	1.12.9
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)，sesameData、方法
进口	BiocParallel， grDevices, utils，stringr，宠物猫，illuminaio，质量，GenomicRanges，IRanges、网格preprocessCore，S4Vectors，randomForest，wheatmap，ggplot2、图形、KernSmooth平行,matrixStats，DNAcopy统计数据,SummarizedExperiment，e1071，fgsea，ggrepel，reshape2
链接
建议	尺度，knitr，rmarkdown，testthat，dplyr，tidyr，BiocStyle，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，minfi，FlowSorted.CordBloodNorway.450k，FlowSorted.Blood.450k，HDF5Array
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zwdzwd/sesame
BugReports	https://github.com/zwdzwd/sesame/issues
全靠我
进口我	TCGAbiolinksGUI
建议我	MethReg，RnBeads，sesameData，TCGAbiolinks
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	sesame_1.12.9.tar.gz
Windows二进制	sesame_1.12.9.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	sesame_1.12.9.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sesame
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sesame
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/sesame/
软件包下载报告	下载数据