signatureSearch

DOI:10.18129 / B9.bioc.signatureSearch

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见signatureSearch．

结合功能富集分析的基因表达搜索环境

Bioconductor版本:3.14

该软件包实现了用于执行基因表达签名(GES)搜索的算法和数据结构，并随后使用专门的富集方法对结果进行功能解释。

作者:段玉柱[cre, aut]， Thomas Girke [aut]

维护:Yuzhu Duan

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“signatureSearch”)

超文本标记语言	R脚本	signatureSearch
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialExpression，去，GeneExpression，KEGG，NetworkEnrichment，测序，软件
版本	1.8.2
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.0)，Rcpp，SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi，ggplot2，data.table，ExperimentHub，HDF5Array，magrittr，RSQLite，dplyr，fgsea，尺度、方法、qvalue，统计，utils，reshape2，visNetwork，BiocParallel，fastmatch，reactome.db，矩阵，clusterProfiler，readr，剂量，rhdf5，GSEABase，DelayedArray，BiocGenerics、工具
链接	Rcpp
建议	knitr，testthat，rmarkdown，BiocStyle，org.Hs.eg.db，signatureSearchData，DT
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/yduan004/signatureSearch/
BugReports	https://github.com/yduan004/signatureSearch/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	signatureSearch_1.8.2.tar.gz
Windows二进制	signatureSearch_1.8.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	signatureSearch_1.8.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signatureSearch
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/signatureSearch
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/signatureSearch/
软件包下载报告	下载数据