sitadela

DOI:10.18129 / B9.bioc.sitadela

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见sitadela．

一个R包，从各种来源和生物体轻松提供简单但完整的标签分隔的基因组注释

Bioconductor版本:3.14

提供一个接口来建立基因组注释及其坐标(基因、转录本和外显子水平)的统一数据库。它的目的是在需要简单的以制表符分隔的注释(或简单的GRanges对象)而不是更复杂的注释Bioconductor包时使用。在需要组合注释元素时也很有用，例如RefSeq坐标与Ensembl生物型。最后，它可以下载、构建和处理带有版本化基因和转录本的注释(如果可用，例如RefSeq和最新的Ensembl)。这在精确医疗应用中特别有用，因为后者必须报告。

作者:Panagiotis Moulos [aut, cre]

维护者:Panagiotis Moulos < Moulos at fleming.gr>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sitadela”)

超文本标记语言	R脚本	构建一个简单的注释数据库
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BiomedicalInformatics，ChIPSeq，DataImport，FunctionalGenomics，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，转录，转录组，WorkflowStep
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	Biobase，BiocGenerics，biomaRt，Biostrings，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，IRanges，方法，并行，Rsamtools，RSQLite，rtracklayer，S4Vectors，工具，utils
链接
建议	BSgenome，knitr，rmarkdown，RMySQL，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pmoulos/sitadela
BugReports	https://github.com/pmoulos/sitadela/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	sitadela_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	sitadela_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	sitadela_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sitadela
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sitadela
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/sitadela/
软件包下载报告	下载数据