这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅spatialDE。
Bioconductor版本:3.14
SpatialDE方法找到空间变量基因从空间转录组数据(SVG)。这个包提供了包装使用的Python SpatialDE图书馆R,使用网状和蛇怪。
作者:大卫·科索(aut (cre),米兰Malfait (aut)摩西,λ(aut)
维修工:大卫·科索< davide.corso。2在phd.unipd.it >
从内部引用(R,回车引用(“spatialDE”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“spatialDE”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“spatialDE”)
HTML | R脚本 | 介绍spatialDE |
参考手册 | ||
文本 | 许可证 |
biocViews | 软件,转录组 |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 4.1) |
进口 | 网状,蛇怪,使彻底失败统计数据,SpatialExperiment、方法、SummarizedExperiment,矩阵,S4Vectors,ggplot2,ggrepel,尺度,gridExtra |
链接 | |
建议 | knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/sales-lab/spatialDE//www.andersvercelli.com/packages/spatialDE/ |
BugReports | https://github.com/sales-lab/spatialDE/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | spatialDE_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | spatialDE_1.0.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | spatialDE_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialDE |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ spatialDE |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/spatialDE/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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