strandCheckR

DOI:10.18129 / B9.bioc.strandCheckR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见strandCheckR．

计算bam文件的绞线信息

Bioconductor版本:3.14

该软件包旨在量化并从特定的RNA样本中去除假定的双链DNA。还有一些选项和方法可以绘制出所有滑动窗口的正/负比例，使用户可以了解样品被污染的程度以及用于过滤的适当阈值。

作者:杜杜贤[aut, cre]， Steve Pederson [aut]

维护者:Thu-Hien To

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“strandCheckR”)

超文本标记语言	R脚本	介绍strandCheckR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，报道，ImmunoOncology，质量控制，RNASeq，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于
进口	dplyr，magrittr，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicRanges，IRanges，Rsamtools，S4Vectors、网格BiocGenerics，ggplot2，reshape2统计数据,gridExtra，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene、方法、stringr，rmarkdown
链接
建议	BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/UofABioinformaticsHub/strandCheckR
BugReports	https://github.com/UofABioinformaticsHub/strandCheckR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	strandCheckR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	strandCheckR_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	strandCheckR_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/strandCheckR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/strandCheckR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/strandCheckR/
软件包下载报告	下载数据