structToolbox

DOI:10.18129 / B9.bioc.structToolbox

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见structToolbox。

代谢组学和其他组学的数据处理和分析工具

Bioconductor版本:3.14

代谢组学和其他组学的一套广泛的数据(预处理)处理和分析方法和工具，特别强调统计学和机器学习。这个工具箱允许用户为数据分析构建广泛和标准化的工作流。这些方法和工具是使用struct (Statistics in R using class-based templates)包提供的基于类的模板实现的。工具箱包括预处理方法(例如信号漂移和批处理校正，归一化，缺失值输入和缩放)，单变量(例如ttest，各种形式的ANOVA, Kruskal-Wallis检验等)和多变量统计方法(例如PCA和PLS，包括交叉验证和排列测试)以及机器学习方法(例如支持向量机)。统计本体(statto)已经集成并实现，为不同的方法、输入和输出提供标准化定义。

作者:Gavin Rhys Lloyd [aut, cre]， Ralf Johannes Maria Weber [aut]

维护者:Gavin Rhys Lloyd

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("structToolbox")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“structToolbox”)

超文本标记语言	R脚本	使用structToolbox对代谢组学和其他组学数据集进行数据分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	代谢组学，软件，WorkflowStep
版本	1.6.1
在Bioconductor中	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)，结构体(> = 1.5.1)
进口	ggplot2，ggthemes、网格gridExtra、方法、尺度，sp，统计，utils
链接
建议	agricolae，BiocFileCache，BiocStyle，车，covr，cowplot，e1071，emmeans，ggdendro，knitr，魔法，nlme，openxlsx，请，pmp，reshape2，ropls，rmarkdown，Rtsne，testthat，rappdirs
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我	metabolomicsWorkbenchR
链接到我
构建报告

包档案

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源包	structToolbox_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	structToolbox_1.6.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	structToolbox_1.6.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/structToolbox
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/structToolbox
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/structToolbox/
软件包下载报告	下载数据