svaNUMT

DOI:10.18129 / B9.bioc.svaNUMT

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见svaNUMT．

来自结构变量调用的NUMT检测

Bioconductor版本:3.14

svaNUMT包含从结构变量调用中检测NUMT事件的函数。它采用断点标记GRanges中的结构变体调用，并通过核-线粒体断点连接识别numt。如果在一定距离阈值内的核基因组上发现一对有效的插入位点，则main函数报告候选numt。候选numt由事件报告。

作者:毁东[aut, cre]

维护者:毁东

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“svaNUMT”)

超文本标记语言	R脚本	svaNUMT包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，DataImport，遗传学，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	GenomicRanges，rtracklayer，VariantAnnotation，StructuralVariantAnnotation，BiocGenerics， r (>= 4.0)
进口	为了，Biostrings，stringr，dplyr、方法、rlang，GenomeInfoDb，S4Vectors，GenomicFeatures
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，ggplot2，devtools，testthat(> =魅惑,roxygen2，knitr，plyranges，circlize，发出滴答声，IRanges，SummarizedExperiment，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/PapenfussLab/svaNUMT/issues
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进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	svaNUMT_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	svaNUMT_1.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	svaNUMT_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/svaNUMT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/svaNUMT
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/svaNUMT/
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