tRanslatome

DOI:10.18129 / B9.bioc.tRanslatome

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见tRanslatome。

多水平基因表达的比较

Bioconductor版本:3.14

采用Rank Product, Translational Efficiency, t-test, Limma, ANOTA, DESeq, edgeR等几种统计方法，比较两种生物学条件(治疗与未治疗，患病与正常，突变型与野生型)在不同基因表达水平(转录组，翻译组，蛋白质组)下的差异表达基因(DEGs)。可以用散点图、直方图、MA图、标准差(SD)图、变异系数(CV)图绘制结果。检测显著富集的转录后调控因子(rbp, miRNAs等)和基因本体术语在先前确定的两个表达水平的deg列表中。GO术语只在一个层次或两个层次中富集的比较。计算来自两个表达层次的GO富集词表之间的语义相似度得分。用热图、雷达图和条形图对丰富的术语进行视觉检查和比较。

作者:Toma Tebaldi, Erik Dassi, Galena Kostoska

维护者:托马·特巴尔迪<科学单位的特巴尔迪。我是埃里克·达西。达西在第10单元

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("tRanslatome")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“tRanslatome”)

PDF	R脚本	tRanslatome
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学,CellBiology,DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneRegulation,HighThroughputSequencing,微阵列,MultipleComparisons,质量控制,监管,软件
版本	1.32.0
在Bioconductor中	BioC 2.13 (R-3.0)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.15.0)， methods;limma,sigPathway,anota,DESeq2,刨边机,RankProd,topGO,org.Hs.eg.db,GOSemSim,Heatplus,gplots,plotrix,Biobase
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包档案

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源包	tRanslatome_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	tRanslatome_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	tRanslatome_1.32.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/tRanslatome
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/tRanslatome
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/tRanslatome/
软件包下载报告	下载数据