tofsims

DOI:10.18129 / B9.bioc.tofsims

此包适用于Bioconductor的3.14版本;有关稳定的最新发布版本，请参见tofsims．

飞行时间二次离子质谱(ToF-SIMS)成像数据的导入、处理和分析

Bioconductor版本:3.14

该软件包为导入、处理和分析ToF-SIMS 2D图像数据提供了一个管道。支持导入Iontof和ulac - phi的原始或预处理数据。对于原始数据，存在质量校准、峰值选取和峰值积分。一般功能包括数据分箱、缩放、图像子集和可视化。实现了ToF-SIMS社区中常见的一系列多元工具(PCA、MCR、MAF、MNF)。生物导体图像处理包EBImage的接口提供了图像分割功能。

作者:Lorenz Gerber, Viet Mai Hoang

维护:Lorenz Gerber

安装

要安装此包，启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("tofsims")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“tofsims”)

超文本标记语言	R脚本	使用“tofsims”包的工作流程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImagingMassSpectrometry，ImmunoOncology，基础设施，MassSpectrometry，代谢组学，蛋白质组学，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.3.0)，方法，utils，ProtGenerics
进口	Rcpp(>= 0.11.2)， als，阿尔萨斯，信号，KernSmooth，图形，grDevices，统计
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	EBImage，knitr，rmarkdown，testthat，tofsimsData，BiocParallel，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/lorenzgerber/tofsims
BugReports	https://github.com/lorenzgerber/tofsims/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	tofsims_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	tofsims_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	tofsims_1.22.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tofsims
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tofsims
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/tofsims/
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