treekoR

DOI:10.18129 / B9.bioc.treekoR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见treekoR．

细胞簇层次和细胞与表型的关联

Bioconductor版本:3.14

treekoR是一种新颖的框架，旨在利用单细胞细胞术数据的层次性来发现细胞亚群和患者临床终点之间的可靠和可解释的关联。这些关联旨在概括涉及手动门控的工作流程中普遍存在的嵌套比例，这在使用自动聚类识别细胞群的工作流程中经常被忽视。我们开发了treekoR，以:导出细胞簇的分层树结构;量化细胞类型相对于样本中所有细胞的比例(%总数)，以及相对于亲本群体的比例(%亲本);使用计算出的比例进行显著性检验;并提供交互式HTML可视化，以帮助突出显示关键结果。

作者:Adam Chan [aut, cre]， Ellis Patrick [ctb]

维护者:Adam Chan < Adam .s。Chan在syney.edu.au >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“treekoR”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DifferentialExpression，FlowCytometry，ImmunoOncology，MassSpectrometry，SingleCell，软件，StatisticalMethod，可视化
版本	1.2.1 "
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	属性,跑龙套,tidyr，dplyr，data.table，ggiraph，ggplot2，hopach，猿，ggtree，拼接而成，SingleCellExperiment，diffcyt，刨边机，lme4，multcomp
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，催化剂，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	treekoR_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	treekoR_1.2.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	treekoR_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/treekoR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/treekoR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/treekoR/
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