txcutr

DOI:10.18129 / B9.bioc.txcutr

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅txcutr。

转录组刀

Bioconductor版本:3.14

各种信使rna序列库制备方法生成测序读专门记录的结束。分析注重量化的同种型使用这些数据可以通过使用辅助转录组的截断版本注释,都在对齐或pseudo-alignment阶段,以及下游分析。这个包实现了一些便利方法等容易产生截断注释和相应的序列。

作者:默文Fansler (aut (cre)

维护人员:默文Fansler < mef3005 med.cornell.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“txcutr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“txcutr”)

HTML	R脚本	介绍txcutr
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,注释,RNASeq,测序,软件,转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	AnnotationDbi,GenomicFeatures,IRanges,GenomicRanges,BiocGenerics,Biostrings,S4Vectors,rtracklayer,BiocParallel、统计方法、跑龙套
链接
建议	RefManageR,BiocStyle,knitr,sessioninfo,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0),TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	txcutr_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	txcutr_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	txcutr_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/txcutr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ txcutr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/txcutr/
包下载报告	下载数据