variancePartition

DOI:10.18129 / B9.bioc.variancePartition

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见variancePartition。

在多水平基因表达实验中量化和解释多种变异

Bioconductor版本:3.14

量化和解释基因表达实验中生物和技术变异的多个来源。使用线性混合模型量化可归因于个体、组织、时间点或技术变量的基因表达变异。包括重复测量的梦差异表达分析。

作者:Gabriel Hoffman [aut, cre]

维护者:Gabriel E. Hoffman < Gabriel。Hoffman在mssm。edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“variancePartition”)

PDF	R脚本	1)使用variancePartition的教程
超文本标记语言	R脚本	2)额外的可视化
超文本标记语言	R脚本	3)随机效应和REML理论与实践
超文本标记语言	R脚本	4)梦想:用重复测量设计进行差异表达测试
超文本标记语言	R脚本	5)常见问题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DifferentialExpression，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，回归，软件，转录组
版本	1.24.1
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(6.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.0.0)，ggplot2，limma，BiocParallel
进口	质量，pbkrtest(> = 0.4 4),lmerTest，矩阵，迭代器，foreach，doParallel，gplots，RhpcBLASctl，进步，reshape2，大气气溶胶，尺度，Rdpack，rlang，lme4(>= 1.1-10)， grDevices，图形，Biobase，方法，utils，统计
链接
建议	BiocStyle，knitr，老鸨，rmarkdown，刨边机，dendextend，tximport，tximportData，舞会礼服，DESeq2，RUnit，BiocGenerics，r2glmm，readr
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/variancePartitionhttps://DiseaseNeuroGenomics.github.io/variancePartition
BugReports	https://github.com/DiseaseNeuroGenomics/variancePartition/issues
全靠我
进口我	马斯喀特
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	variancePartition_1.24.1.tar.gz
Windows二进制	variancePartition_1.24.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	variancePartition_1.24.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/variancePartition
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/variancePartition/
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