# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #如果!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“Maaslin2”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(Maaslin2) input_data < -系统。文件(“extdata”、“HMP2_taxonomy。tsv’,包= " Maaslin2”) input_metadata <系统。文件(“extdata”、“HMP2_metadata。tsv’,包= " Maaslin2”) fit_data < - Maaslin2 (input_data、input_metadata demo_output,变换=“AST fixed_effects = c(‘诊断’,‘dysbiosisnonIBD’,‘dysbiosisUC’,‘dysbiosisCD’,“抗生素”,“年龄”),random_effects = c(“网站”,“主题”),参考=“诊断、nonIBD”,规范化=‘没有’,标准化= FALSE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()