库(MetaboCoreUtils)

3.1离子m / z之间的转换和复合质量

的mass2mz和mz2mass函数允许将复合质量和离子(加合物)之间的质荷比(m / z)。的MetaboCoreUtils包提供的定义,常见离子加合物所产生的电喷雾电离(ESI)。这些可以上市adductNames函数。

adductNames ()

# # [1]”(M + 3 H) 3 +”“[M + 2 H + Na) 3 +”“[M + H +钠)3 +”# # [4][M + Na3] 3 +”“[M + 2 H] 2 +”“[M + H + NH4) 2 +”# # [7]”(M + H + K) 2 +”“[M + H + Na) 2 +”“[M + C2H3N + 2 H] 2 +”# # [10] [M + 2 Na) 2 +”“[M + C4H6N2 + 2 H] 2 +”“[M + C6H9N3 + 2 H] 2 +”# # [13] [M + H) +”“[M + Li) +”“[M + 2氯]+”# # [16][M + NH4) +“”[M +水+ H] + [M + Na) +“# # [19] [M + CH4O + H] +”“[M + K) +”“[M + C2H3N + H] +”# # [22] [M + 2 na-h] +”“[M + C3H8O + H] +”“[M + C2H3N + Na) +”# # [25] [M + 2 K - H) +“”[M +介绍+ H] + [M + C4H6N2 + H] +“# # [28]”(2 M + H) +”“2 M + NH4 +”“(2 M + Na) +”# # [31]”(2 M + K) +”“2 M + C2H3N + H +”“2 M + C2H3N + Na +”# # [34]“3 M + H +”“[M + H-NH3] +”“[M + H-H2O] +”# # [37] [M + H-Hexose-H2O] +”“[M + H-H4O2] +”“[M + H-CH2O2] +”

我们可以使用mass2mz函数计算一组化合物的m / z假设某种离子的生成。在下面的例子中,我们定义群众对一些理论化合物和计算其预期m / z假设离子“[M + H) +”和“[M + Na) +”生成。

群众< - c (123、842、324) mass2mz(质量,加合物= c (“[M + H) +”, [M + Na] +))

# # [M + H] + [M + Na] + # # (1) 124.0073 - 145.9892 # # (2) 843.0073 - 864.9892 325.0073 - 346.9892 # # [3]

作为一个结果,我们得到一个矩阵在每一行每一列代表一种化合物和m / z的定义的加合物。与mz2mass我们可以进行反向计算,即从m / z复合质量。

3.2使用化学公式

缺少一致性的化学公式的格式写构成大问题比较公式来自不同资源。的MetaboCoreUtils包提供的功能标准化公式以及结合公式或减元素从公式。下面我们用一个人造的例子来展示此功能。首先我们规范的化学式standardizeFormula函数。

frml < -“Na3C4 frml < - standardizeFormula frml (frml)

# # [1]“C4Na3”

接下来我们添加“水”使用的公式addelement函数。

frml < - addelement (frml,“水”)frml

# # [1]“C4H2ONa3”

我们也可以减元素subtractElements功能:

frml < - subtractElements frml (frml,“H”)

# # [1]“C4HONa3”

单个元素的计算化学公式可以计算countElements函数。

countElements (frml)

# # C H O Na # # 4 1 1 3

3.3Retetion时间索引

保留时间通常是两个质系统之间没有直接的可比性,即使名义上使用相同的分离方法。保留时间转换成retetion指数可以克服这个问题。的MetaboCoreUtils包提供了一个函数来执行这种转换。下面我们用一个例子基于索引与一系列homologoues af N-Alkyl-pyridinium磺酸盐(午睡)。

rti < read.table(系统。文件(“retentionIndex”、“rti。txt”,包= " MetaboCoreUtils”),头= TRUE, 9 = " \ t”) rtime < read.table(系统。文件(“retentionIndex”、“代谢物。txt”,包= " MetaboCoreUtils”),头= TRUE, 9 = " \ t”)

一个data.frame的retetion次小睡和各自的索引值是必需的。

头(rti)

# # rtime rindex 1.14 100 # # 1.18 # # 200 # # 300 # # 1.38 400 2.11 5.92 4.34 500 # # # # 600

索引是peformed使用函数indexRtime。

rtime rindex_r < - indexRtime (rtime rtime美元,rti)

比较人工计算保留指数。

头(rtime)

# # 1 # #名rtime rindex_manual rindex_r维生素D2 NA NA NA # # 2角鲨烯15.66 1709.8765 1709.8765 # # 3 4-COUMARATE # # 4 NONANOATE 11.73 1244.5783 1244.5783 6.26 629.3103 629.3103 # # 5 ESTRADIOL-17ALPHA 6辛酸盐10.67 1114.8148 1114.8148 10.27 1065.4321 1065.4321 # #

条件,应当通过保留指数相比可能不完全吻合。如果偏差是线性的一个简单的两点校正可以被应用到数据。这是执行的函数correctRindex。校正需要两个参考标准和测量RIs和RIs的引用。

ref < - data.frame (rindex = c (1709.8765, 553.7975), refindex = c(1700、550)美元rtime rindex_cor < - correctRindex (rtime rindex_r美元,ref)