# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(NanoMethViz)库(ggplot2) knitr:: opts_chunk设置美元(echo = TRUE) # #——消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(NanoMethViz) #导入示例NanoMethResult对象nmr < - load_example_nanomethresult () nmr #皈依bsseq bss < - methy_to_bsseq bss # # (nmr) - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #创建从外显子基因注释注释gene_anno < - exons_to_genes (NanoMethViz:外显子(nmr)) #创建log-methylation-ratio矩阵lmr < - bsseq_to_log_methy_ratio (bss、地区= gene_anno) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plot_mds (lmr) + ggtitle (“MDS阴谋”)plot_pca (lmr) + ggtitle (“PCA阴谋”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - new_labels < - gsub (“B6Cast_Prom_”、“colnames (lmr)) new_labels < - gsub (“(\ \ d) _ (. *)”、“1 \ \ 2 \ \”,new_labels)组< - gsub (“\ \ d”、“new_labels) plot_mds (lmr、标签= new_labels组=组)+ ggtitle (“MDS阴谋”)+ scale_colour_brewer(面板=“set2”中的)