2.1链接库

链接成功HDF5库中Rhdf5lib一个包必须包括这两个一个src / Makevars.win和src / Makevars文件。

添加以下行来src / Makevars和src / Makevars.win

RHDF5_LIBS = $(壳牌“$ {R_HOME} / bin / $ {R_ARCH_BIN} Rscript”- e \“Rhdf5lib: pkgconfig (“PKG_C_LIBS”)) PKG_LIBS = $ (RHDF5_LIBS)

为每个平台修改语句PKG_LIBS美元变量。如果你的包需要添加额外的信息PKG_LIBS美元通过添加的变量,这样做PKG_LIBS = $ (RHDF5_LIBS)线,如

PKG_LIBS = $ (RHDF5_LIBS) - l /道路/ / foolib - lfoo

注意,使用$(壳……)需要使用GNU制作,你需要这个需求明确在你包的描述文件通过入口:

SystemRequirements: GNU使

默认的行为Rhdf5lib: pkgconfig是报告的位置共享库的结果吗系统。文件(“自由”,包=“Rhdf5lib”)。如果这是不适合你的系统如集群共享文件系统,使用环境变量RHDF5LIB_RPATH覆盖这对基础设施和设置一个适当的位置。

提供有效的选项pkgconfig ()是:PKG_C_LIBS,PKG_CXX_LIBS,PKG_C_HL_LIBS和PKG_CXX_HL_LIBS。选择最适当的根据您的链接代码是否需要c++ API (CvsCXX)和/或HDF5高级的API (霍奇金淋巴瘤)。选择选项,你不需要不应该损害性能,但会导致一个更大的图书馆和更大的内存使用您的应用程序,所以它是良好的实践只选择你所需要的功能。

2.2定位库头文件

为了使C / c++编译器找到HDF5头包安装期间,添加Rhdf5lib到链接字段的描述文件包,如。

链接:Rhdf5lib

在C或c++代码文件中,您可以使用标准的包括技术,例如:# include“hdf5.h”或# include“H5Cpp.h”。您可以手动检查头文件来检查他们的名字和声明的函数。来找到她们的位置在您的系统,您可以使用下面的代码:

系统。文件(包= " Rhdf5lib”,“包括”)

# # [1]“/ tmp / Rtmpgh1Ipv / Rinst1c846f5bd7f1df / Rhdf5lib /包括“

3.1非标准ZLIB位置

Rhdf5lib需要ZLIB压缩库安装在非windows平台上。如果安装失败的消息报道zlib.h不能被发现,可以在安装过程中显式地提供适当的路径通过吗configure.args参数如。

BiocManager:安装(Rhdf5lib,配置。args =”——with-zlib = /路径/ / zlib /”)

在这里/ / zlib /路径应该包含的目录吗包括/ zlib.h和lib / libz.a。例如,在一个典型的Ubuntu安装这可能是/usr/而对于图书馆通过安装miniconda这个位置可以/home/<用户> / miniconda3 /。

3.2禁用链接时优化(维度)

如果您已经配置了R(见链接时优化启用在这里),但希望关掉它的安装Rhdf5lib,您需要设置configure.args和INSTALL_opts参数如。

BiocManager::安装(Rhdf5lib, INSTALL_opts =”——no-use-LTO”配置。args = "——disable-lto”)

这是因为建筑Rhdf5lib包括第一次编译HDF5库,然后编译和链接R接口。的INSTALL_opts参数影响后者的一部分,但是我们需要使用configure.args确保HDF5库构建相同的设置。111使用”——enable-lto”这里将没有影响。启用链接时R与优化必须已经配置——enable-lto(见在这里)。