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从文件生成figure-ready图表的工具。它从包由其他人,包括ggplot2和dplyr tidyverse ggpubr和批处理统计计算。
块可以使用几何学的组合包括酒吧,小提琴,盒子,横梁,密度,点,线,errorbar。
{宽度= 100%}
{宽度= 100%}
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“plotGrouper”)BbiocManager:BiocManager:安装(“jdgagnon / plotGrouper”)devtools:devtools: install_github (“jdgagnon / plotGrouper”)包加载到R会话。
库(plotGrouper)
初始化的应用,下面的代码粘贴在你的R控制台并运行它。
plotGrouper ()
一旦打开web应用程序,您就可以访问虹膜虹膜数据集通过单击按钮来学习如何使用后的应用。虹膜数据加载,选择窗口会自动填充和图应该显示。
的原始数据选项卡显示的结构数据加载。你的文件应该是组织在以下方式:
| 唯一标识符 | 比较 | 变量 |
|---|---|---|
| 样本 | 物种 | Sepal.Length |
| setosa_1 | setosa | 5.1 |
| setosa_2 | setosa | 4.9 |
| versicolor_1 | 多色的 | 7 |
| versicolor_2 | 多色的 | 6.4 |
| virginica_1 | virginica | 6.3 |
| virginica_2 | virginica | 5.8 |
| 等… | 等… | 等… |
这些列可以名为任何你想要的但列中的值是很重要的。
的唯一标识符列应该只包含惟一值,确定每个样本(例如,样本在虹膜原始数据)。
的比较列应该包含复制值,确定每个属于一个组(例如,物种在虹膜原始数据)。
的变量列(s)应该为每个变量创建你想阴谋。这些列中的值必须是一个数字(例如,Sepal.Length,Sepal.Width,Petal.Length,Petal.Width在虹膜原始数据)
导入数据文件后,表列将被创建并填充表的名称(s)从文件如果它来自一个excel电子表格或文件名称如果它来自一个csv或tsv文件。
的变量的阴谋选择窗口用于选择变量(s)绘制(例如,Sepal.Width从虹膜数据)。如果多个选择,他们将根据分组独立变量选中。
的比较选择窗口用于选择列包含信息,确定每个样本属于条件(例如,物种列在虹膜数据)。
的独立变量选择窗口用于选择故事情节应该如何分组。如果变量选择(默认),故事情节将分组中的值吗变量的阴谋。
使用形状选择器来改变每个变量比较点的形状。
使用颜色选择器为每个比较变量变化点的颜色。
使用填满选择器来改变其他几何学的填充颜色绘制每个比较变量。
为了防止形状,颜色,或填满从恢复到默认值,单击锁复选框。
个人情节可以通过点击保存保存在情节选项卡或多个情节可能会安排在一个页面通过点击添加图报告。单击该按钮将当前的阴谋报告选项卡中并为其分配一个号码报告情节#下拉菜单。存储在重温一个阴谋报告选项卡上,选择您想要恢复的阴谋并单击从报告加载情节。还可以更改这个情节,然后在更新报告通过点击更新的报告。
统计计算当前被显示在图情节标签存储在统计数据选项卡。这些可以通过单击保存下载按钮统计数据选项卡。
的图数据选项卡包含重组后绘制的数据子集。
的原始数据选项卡显示创建的dataframe在导入的文件以及自动创建表列。
这里的输出sessionInfo ()这个包的系统的开发:
sessionInfo ()# # R版本以下4.4.1(2021-08-10)# #平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)# #下运行:Ubuntu 20.04.3 LTS # # # #矩阵产品:默认# #布拉斯特区:/home/biocbuild/bbs - 3.14 - bioc / R / lib / libRblas。所以# # LAPACK: /home/biocbuild/bbs - 3.14 - bioc / R / lib / libRlapack。# # # #语言环境:# # [1]LC_CTYPE = en_US。utf - 8 LC_NUMERIC = C # #[3]而= en_GB LC_COLLATE = C # # [5] LC_MONETARY = en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。utf - 8 # # [7] LC_PAPER = en_US。utf - 8 LC_NAME = C # # [9] LC_ADDRESS C = C LC_TELEPHONE = # # [11] LC_MEASUREMENT = en_US。utf - 8 LC_IDENTIFICATION = C附加基本包:# # # # # #[1]统计图形grDevices跑龙套基地# # # #加载数据集方法通过名称空间(而不是附加):# # [1]compiler_4.1.1 fastmap_1.1.0 magrittr_2.0.1 htmltools_0.5.2 # # [5] tools_4.1.1 stringi_1.7.5 highr_0.9 knitr_1.36 # # [9] digest_0.6.28 stringr_1.4.0 xfun_0.27 mime_0.12 # # [13] rlang_0.4.12 evaluate_0.14