安装chromhmmData使用
如果(!requireNamespace(“BiocManager”,静静地=真正的))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“chromhmmData”)这个包包括运行所需的基因组注释ChromHMM。
这包括:
CHROMSIZES:文本文件与染色体的大小坐标:床上的坐标文件不同的基因特性ANCHORFILES:文本文件与已知基因的转录起始和结束点四个不同的基因组的注释是包含在包中。这些都是人类hg18和hg19和老鼠mm10和mm9。
使用执行访问文件和智能。例如
#访问目录chromsizes < -执行(“extdata / CHROMSIZES”,包=“chromhmmData”)dir(chromsizes)# > hg18 [1]”。txt”“hg19。txt”“mm10。txt mm9.txt”#访问一个文件执行(“extdata / CHROMSIZES”,“hg19.txt”,包=“chromhmmData”)# >[1]“/私人/ var /文件夹/ sk / hy088prx12l_cqspv3lbpl9s6_3r11 / T / RtmpfrF1ah / Rinst48a77110e7d / chromhmmData / extdata / CHROMSIZES / hg19.txt”这些注释文件了ChromHMM源代码存储库。
sessionInfo()# > R版本4.1.0修补(2021-05-24 r80367)# >平台:x86_64-apple-darwin17.7.0(64位)# >下运行:塞拉10.13.6 macOS高# ># >矩阵产品:违约# >布拉斯特区:/用户/ ka36530_ca / R-stuff / bin / R-4-1 / lib / libRblas.dylib# > LAPACK: /用户/ ka36530_ca / R-stuff / bin / R-4-1 / lib / libRlapack.dylib# ># >语言环境:# > [1]C / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8 / C / en_US.UTF-8 / en_US.UTF-8# ># >附加基本包:# >[1]统计图形grDevices跑龙套基础数据集的方法# ># >其他附加包:# > [1]chromhmmData_0.99.2# ># >加载通过名称空间(而不是附加):# > [1]digest_0.6.27 R6_2.5.0 jsonlite_1.7.2 magrittr_2.0.1# > [5]evaluate_0.14 rlang_0.4.11 stringi_1.6.2 jquerylib_0.1.4# > [9]bslib_0.2.5.1 rmarkdown_2.9 tools_4.1.0 stringr_1.4.0# > [13]xfun_0.24 yaml_2.2.1 compiler_4.1.0 htmltools_0.5.1.1# > [17]knitr_1.33 sass_0.4.0