多萝西娅

DOI:10.18129 / B9.bioc.dorothea

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见多萝西娅．

人类和小鼠TF规则集

Bioconductor版本:3.14

此包包含人和小鼠TF规则。从文献整理资源、ChIP-seq峰值、TF结合位点基序和直接从基因表达推断的相互作用等不同类型的证据中整理和收集人类调控子。通过将人类基因符号映射到小鼠的同源基因，构建了小鼠的调控子。这些规则可以与任何旨在分析基因集以从基因表达数据推断TF活性的统计方法相结合。最好使用统计方法毒蛇。

作者:丹尼尔·迪米特洛夫，克里斯蒂安·h·荷兰[aut]、卢兹·加西亚-阿隆索[西班牙语]、阿尔贝托·瓦尔迪奥利瓦斯[西班牙语]、米努·阿什蒂亚尼[西班牙语]、阿提拉·加博尔[西班牙语]

维护者:Daniel Dimitrov < Daniel。迪米特洛夫，海德堡大学

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") biomanager::install("dorothea")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“多萝西娅”)

超文本标记语言	R脚本	以DoRothEA作为调控资源，从大量转录组数据推断TF活性。
超文本标记语言	R脚本	基于多萝西娅作为调控资源的scRNA-seq数据的TF活性推断。
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData，Homo_sapiens_Data，Mus_musculus_Data
版本	1.6.0
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	dplyr，magrittr，bcellViper，毒蛇
链接
建议	Biobase，BiocStyle，knitr，pheatmap，pkgdown，rmarkdown，修拉，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，testthat(> =魅惑,宠物猫，tidyr,跑龙套
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/dorothea/https://github.com/saezlab/dorothea
BugReports	https://github.com/saezlab/dorothea/issues
这取决于我
进口我	cosmosR，更容易
建议我	MethReg
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	dorothea_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dorothea
源存储库(开发人员访问)	Git clone git@git.bioconductor.org:packages/dorothea
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/dorothea/
软件包下载报告	下载数据