pasilla

DOI:10.18129 / B9.bioc.pasilla

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见pasilla。

布鲁克斯等人，基因组研究，2011年，Pasilla敲除RNA-seq样本的单外显子和单基因读取计数数据包。

Bioconductor版本:3.14

该软件包提供了从RNA-seq数据中选择的基因的单外显子和单基因读取计数，这些数据发表在Brooks an, Yang L, Duff MO, Hansen KD, Park JW, Dudoit S, Brenner SE, Graveley BR, Genome Res. 2011 Feb;21(2):193-202, Epub 2010 Oct 4, PMID: 20921232。本实验研究了RNAi敲低黑腹果蝇(Drosophila melanogaster) NOVA1和NOVA2的同源基因Pasilla对转录组的影响。包装小插图描述了这里提供的数据是如何从NCBI Gene Expression Omnibus提供的RNA-Seq读序列数据中获得的，序列号为GSM461176至GSM461181。

作者:Wolfgang Huber, Alejandro Reyes

维护者:Alejandro Reyes < Alejandro . Reyes。在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("pasilla")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“pasilla”)

超文本标记语言	R脚本	数据预处理和数据对象pasillaGenes和pasillaExons的创建
PDF		参考手册

细节

biocViews	Drosophila_melanogaster_Data，ExperimentData，基因组，RNASeqData
版本	1.22.0
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.3.0)
进口
链接
建议	DEXSeq，rmarkdown，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我	blacksheepr
建议我	贝德，DESeq2，DEXSeq，EnhancedVolcano，pasillaBamSubset，regionReport，ReportingTools，tidybulk
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	pasilla_1.22.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pasilla
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pasilla
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/pasilla/
软件包下载报告	下载数据