systemPipeRdata

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeRdata

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅systemPipeRdata。

systemPipeRdata:工作流模板和示例数据

Bioconductor版本:3.14

systemPipeRdata是一个辅助包与一个命令生成挥动工作流模板,仅供systemPipeR其母包。后者是一个环境构建端到端分析管道与自动报告生成下一代序列(上天)应用程序,如RNA-Seq RIBO-Seq, ChIP-Seq, VAR-Seq和许多其他人。给出详细的示例使用systemPipeRdata systemPipeR概述的装饰图案。

作者:托马斯Girke

维护人员:托马斯Girke <托马斯。在ucr.edu girke >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“systemPipeRdata”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“systemPipeRdata”)

HTML	R脚本	systemPipeRdata:工作流模板和示例数据
HTML	R脚本	WF: ChIP-Seq工作流模板
HTML	R脚本	WF: RIBO-Seq工作流模板
HTML	R脚本	WF: RNA-Seq工作流模板
HTML	R脚本	WF: VAR-Seq模板
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,DataImport,ExperimentData,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,基础设施,MethylSeq,质量控制,RNASeq,RiboSeq,单核苷酸多态性,测序,WorkflowStep
版本	1.22.3
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法
进口	BiocGenerics,jsonlite,遥控器,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,ShortRead,rtracklayer
链接
建议	RUnit,BiocStyle,knitr,rmarkdown,systemPipeR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tgirke/systemPipeRdata
取决于我
进口我	RNASeqR
建议我	systemPipeR,systemPipeShiny
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	systemPipeRdata_1.22.3.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeRdata
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ systemPipeRdata
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/systemPipeRdata/
包下载报告	下载数据