simpleSingleCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.simpleSingleCell

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见simpleSingleCell．

Bioconductor单细胞RNA-seq数据低层次分析的分步工作流程

Bioconductor版本:3.14

它曾经是一个引以为傲的工作流包，现在只是一个外壳。它的几乎所有内容都被用在https://osca.bioconductor.org上的“用生物导体编排单细胞分析”一书中。这里的大多数小插图都被保留下来，作为曾经的荣耀的提醒，也提供了指向相关OSCA书籍章节的现有外部链接的重定向。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Davis McCarthy [aut]， John Marioni [aut]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("simpleSingleCell")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“simpleSingleCell”)

超文本标记语言		01.简介
超文本标记语言		02.读计数数据
超文本标记语言		03.UMI统计数据
超文本标记语言		04.Droplet-based数据
超文本标记语言		05.修正批效应
超文本标记语言		06.质量控制细节
超文本标记语言		07.在归一化
超文本标记语言		08.检测对比
超文本标记语言		09.高级方差建模
超文本标记语言		10.检测差分表达式
超文本标记语言		11.高级批量校正
超文本标记语言		12.大数据的可扩展性
超文本标记语言	R脚本	13.进一步分析策略

细节

biocViews	ImmunoOncologyWorkflow，SingleCellWorkflow，工作流
版本	1.18.0
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	跑龙套、方法knitr，callr，rmarkdown，CodeDepends，BiocStyle
链接
建议	readxl，R.utils，SingleCellExperiment，嘘，食物，limma，BiocFileCache，org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/help/workflows/simpleSingleCell/
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	simpleSingleCell_1.18.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simpleSingleCell
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/simpleSingleCell
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/simpleSingleCell/
软件包下载报告	下载数据