AnnotationHub

这个包是版本3.15的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见AnnotationHub．

客户端访问AnnotationHub资源

Bioconductor版本:3.15

这个包为Bioconductor AnnotationHub web资源提供了一个客户端。AnnotationHub网络资源提供了一个中心位置，基因组文件(例如，VCF, bed, wig)和其他来自标准位置的资源(例如，UCSC, Ensembl)可以被发现。资源包括关于每个资源的元数据，例如文本描述、标签和修改日期。客户端创建并管理由用户检索的文件的本地缓存，帮助实现快速和可重复的访问。

作者:Bioconductor Package Maintainer[中文]，Martin Morgan[中文]，Marc Carlson[中文]，Dan Tenenbaum[中文]，Sonali Arora[中文]，Valerie Oberchain[中文]，Kayla Morrell[中文]，Lori Shepherd[中文]

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

引用(来自R，输入引用(“AnnotationHub”))：

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("AnnotationHub")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“AnnotationHub”)

超文本标记语言	R脚本	AnnotationHub:访问AnnotationHub Web Service
超文本标记语言	R脚本	注解中心:注解中心如何
超文本标记语言	R脚本	故障处理
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GUI，基础设施，软件，ThirdPartyClient
版本	3.4.0
在Bioconductor中	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.15.10),BiocFileCache(> = 1.5.1)
进口	utils, methods, grDevices，RSQLite，BiocManager，BiocVersion，旋度，rappdirs，AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4Vectors，interactiveDisplayBase，httr，yaml，dplyr
链接
建议	IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，VariantAnnotation，Rsamtools，rtracklayer，BiocStyle，knitr，AnnotationForge，rBiopaxParser，RUnit，GenomicFeatures，MSnbase，mzR，Biostrings，SummarizedExperiment，ExperimentHub，gdsfmt，rmarkdown，HubPub
SystemRequirements
增强了	AnnotationHubData
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/AnnotationHub/issues
这取决于我	adductomicsR，注释，AnnotationHubData，EpiTxDb.Hs.hg38，EpiTxDb.Mm.mm10，EpiTxDb.Sc.sacCer3，EuPathDB，ExperimentHub，GenomicState，hipathia，ipdDb，LRcell，MetaGxBreast，MetaGxOvarian，NestLink，org.Mxanthus.db，PANTHER.db，phastCons30way.UCSC.hg38，ProteomicsAnnotationHubData，rGenomeTracksData，测序，sesameData，synaptome.data，鞑靼，UCSCRepeatMasker
进口我	adductData，AHLRBaseDbs，AHMeSHDbs，AHPathbankDbs，AHPubMedDbs，AHWikipathwaysDbs，alpineData，alternativeSplicingEvents.hg19，alternativeSplicingEvents.hg38，annotatr，atena，BioImageDbs，biscuiteerData，celldex，chipseqDBData，circRNAprofiler，coMethDMR，cTRAP，curatedMetagenomicData，curatedTBData，curatedTCGAData，customCMPdb，depmap，dmrseq，DropletTestFiles，easierData，ENmix，EpiCompare，FieldEffectCrc，FlowSorted.Blood.EPIC，FlowSorted.CordBloodCombined.450k，GenomicDistributionsData，GenomicScores，grasp2db，GSEABenchmarkeR，gwascat，HCAData，HMP16SData，HMP2Data，MACSr，mcsurvdata，网格，metaboliteIDmapping，MetaGxPancreas，MethReg，msigdb，MSnID，NxtIRFcore，食人魔，ontoProc，psichomics，pwOmics，regutools，REMP，restfulSE，RLHub，RLSeq，scanMiRApp，scAnnotatR，scmeth，scpdata，scRNAseq，scTensor，SingleCellMultiModal，spatialLIBD，synaptome.db，TabulaMurisSenisData，TCGAWorkflow，TENxBrainData，TENxBUSData，TENxPBMCData，TSRchitect，肺结核，tximeta，Ularcirc
建议我	AHEnsDbs，BgeeCall，BioPlex，芝加哥，ChIPpeakAnno，CINdex，clusterProfiler，CNVRanger，可可，CTCF，DNAshapeR，dupRadar，埃尔默，ENCODExplorerData，ensembldb，epimutacions，epiNEM，EpiTxDb，epivizrChart，epivizrData，excluderanges，GenomicRanges，Glimma，GOSemSim，gwascatData，HarmonizedTCGAData，微波激射器，米拉，MSnbase，multicrispr，nullranges，ontoProcData，OrganismDbi，plotgardener，recountmethylation，土星，TCGAbiolinks，TCGAutils，VariantAnnotation，xcore
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测在您的R会话中使用此包的说明。

源包	AnnotationHub_3.4.0.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHub_3.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	AnnotationHub_3.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHub
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/AnnotationHub
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/AnnotationHub/
软件包下载报告	下载数据