此包适用于Bioconductor 3.15版;有关稳定的最新发布版本,请参见BiocNeighbors.
Bioconductor版本:3.15
在一个框架中实现精确和近似的最近邻检测方法,允许它们在Bioconductor包或工作流中轻松切换。精确搜索可以使用k-means for k-nearest neighbors算法或有利点树来执行。近似搜索可以使用Annoy或HNSW库执行。支持在欧几里得距离或曼哈顿距离上搜索。通过使用BiocParallel实现了所有方法的并行化。还提供了函数来搜索给定距离内的所有邻居。
作者:Aaron Lun [aut, cre, cph]
维护者:Aaron Lun
引文(从R内,输入引用(“BiocNeighbors”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“BiocNeighbors”)
超文本标记语言 | R脚本 | 1.检测精确的最近邻居 |
超文本标记语言 | R脚本 | 2.检测近似最近邻居 |
超文本标记语言 | R脚本 | 3.探测范围内的邻居 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,聚类,软件 |
版本 | 1.14.0 |
在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(4年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | |
进口 | Rcpp,S4Vectors,BiocParallel,统计,方法,矩阵 |
链接 | Rcpp,RcppHNSW |
建议 | testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,模糊神经网络,RcppAnnoy,RcppHNSW |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | OSCA。先进,OSCA.workflows |
进口我 | 后面;,咆哮,CellMixS,cydar,CytoTree,imcRtools,miloR,mumosa,嘘,scDblFinder,单 |
建议我 | TrajectoryUtils,TSCAN |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | BiocNeighbors_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | BiocNeighbors_1.14.0.zip(64位) |
macOS二进制文件(x86_64) | BiocNeighbors_1.14.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiocNeighbors |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BiocNeighbors |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/BiocNeighbors/ |
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