CellTrails

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellTrails

这个包是版本3.15的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见CellTrails．

分支轨迹的重建、可视化和分析

Bioconductor版本:3.15

CellTrails是一种无监督算法，用于对单细胞表达数据进行从头排序、可视化和分析。CellTrails利用了低维流形学习的几何动机概念，它展示了许多优点，可以抵消由辍学、技术差异和预测变量冗余引起的单细胞数据的固有噪声。CellTrails能够重建分支轨迹，并同时提供所有分支表达模式的直观图形表示。它允许用户定义和推断个体和多种途径对不同表型的表达动态。

作者:丹尼尔·埃尔旺格[aut, cre, cph]

维护者:Daniel Ellwanger

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") biomanager::install("CellTrails")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“CellTrails”)

PDF	R脚本	细胞轨迹:单细胞表达数据分支轨迹的重建、可视化和分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataRepresentation，DifferentialExpression，DimensionReduction，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，SingleCell，软件，TimeCourse
版本	1.14.0
在Bioconductor中	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，SingleCellExperiment
进口	BiocGenerics，Biobase，cba，dendextend，dtw，EnvStats，ggplot2，ggrepelgrDevices,igraph，maptree、方法、mgcv，reshape2，Rtsne，统计数据，样条曲线，SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi，命运，RUnit，嘘，食物，knitr，org.Mm.eg.db，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	CellTrails_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	CellTrails_1.14.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CellTrails_1.14.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/CellTrails
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/CellTrails
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CellTrails/
软件包下载报告	下载数据