ChIPXpress

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPXpress

这个包是版本3.15的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本,请参见ChIPXpress

ChIPXpress:利用公开可用的基因表达谱,从ChIP-seq和ChIP-chip数据中增强转录因子靶基因鉴定

Bioconductor版本:3.15

ChIPXpress将ChIPx数据中预测的TF结合基因作为输入,并使用从NCBI GEO下载的相应基因表达谱数据库对TF结合靶标进行排序,以确定哪个基因最有可能是功能性TF靶标。

作者:George Wu

维护者:George Wu

引用(来自R,输入引用(“ChIPXpress”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ChIPXpress")

对于旧版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPXpress”)

PDF R脚本 ChIPXpress
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeqChIPchip软件
版本 1.40.0
在Bioconductor中 BioC 2.11 (R-2.15)(10年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 2.10),ChIPXpressData
进口 BiobaseGEOqueryfrmaaffybigmemorybiganalytics
链接
建议 mouse4302frmavecsmouse4302.dbmouse4302cdfRUnitBiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包 ChIPXpress_1.40.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64) ChIPXpress_1.40.0.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/ChIPXpress
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ChIPXpress
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/ChIPXpress/
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